Seit der Freisetzung des genmanipulierten Virus sind einige Jahre vergangen. Affe Caesar will nun mit seiner Kampftruppe die Menschheit endgültig besiegen. Doch die Rolle des Anführers wird bald zu Caesar großer Herausforderung. Auch alle Versuche der letzten überlebenden Menschen, ein Friedensabkommen mit den intelligenten Affen zu schließen, scheitern. Nun sucht eine kleine Gruppe von Wissenschaftler in San Francisco nach einer Lösung, doch alles deutet darauf hin, dass ein finaler Krieg droht.