Das viktorianische Cheesebridge ist dem Namen nach bekannt für seinen Käse. Der hat die Stadt reich und die Menschen arrogant gemacht. Neben ihnen gibt es noch andere Bewohner in Cheesebridge - die BoxTrolls. Das sind Kartonwesen, die unter der Stadt wohnen und angeblich Kinder und Käse stehlen sollen. Der 11-jährige Eggs kann da ganz andere Geschichten erzählen. Er ist bei den BoxTrolls aufgewachen und kennt die kleinen Wesen so, wie sie wirklich sind. Als fiese Jäger Eggs BoxTroll-Vater Fish gefangen nehmen, muss sich der Junge zurück in die Welt der Menschen begeben. Der Anführer der Troll-Jäger heißt Archibald Snatcher, und Eggs Aufgabe besteht nun darin, Fish zu befreien und die Jäger unschädlich zu machen...