Kriminalhauptkommissarin Jasmin Sayed (Sesede Terziyan) leitet das von der Polizeipräsidentin Alexandra Falkenbach (Marion Kracht) ins Leben gerufene Pilotprojekt "Wasserkriminaldezernat Eins der Wasserschutzpolizei Berlin", kurz WaPo Berlin. Jasmin Sayed hat sich ihr ideales Team zusammengestellt: allen voran Paula Sprenger (Sarina Radomski), eine echte "Berliner Pflanze", mit der sie seit Kindheitstagen eine Freundschaft verbindet.

Wolf Malletzke (Christoph Grunert), Kapitän der "Silbermöwe", ist der ruhende Pol und Dienstälteste im Team. Fahri Celik (Hassan Akkouch), Jungspund in der Truppe, sprüht vor guter Laune und Energie. Mit Kommissaranwärterin Marlene Weber (Melina Borcherding) ist das Team komplett. In weiteren Hauptrollen: die Hauptstadt Berlin und Stulle, pensionierter Drogenfahndungshund, der seinen festen Platz unterhalb des Steuerrads der "Silbermöwe" hat.

In der ersten Folge "Alle in einem Boot", am 28. Januar 2020 um 18:50 Uhr, wird die WaPo Berlin zu einem Leichenfund am Wannsee gerufen. Fast gleichzeitig wird aus dem an der Spree liegenden Berliner Dom ein bedeutendes Exponat gestohlen. Besteht zwischen beiden Fällen ein Zusammenhang? Das gesamte WaPo-Team, das sich mit diesem Fall als überzeugende kriminalistische Einheit beweisen muss, ermittelt in alle Richtungen, bis es schließlich auf eine Spur aus der Vergangenheit stößt ...

"WaPo Berlin" ist eine Produktion der Saxonia Media Filmproduktionsgesellschaft mbH unter redaktioneller Federführung des Rundfunk Berlin-Brandenburg im Auftrag der ARD-Werbung und der ARD für Das Erste.